El futuro de la franquicia Boruto ha sido un tema de gran controversia entre los fans, especialmente después de que el líder de Kara, Jigen, resultara ser Isshiki Ōtsutsuki, una de las criaturas alienígenas que los seguidores esperaban dejar atrás. Sin embargo, a pesar de la sensación inicial de que se había optado por una solución fácil, la aparición de Isshiki en la saga ha permitido la creación de uno de los villanos más poderosos y siniestros de todo el universo Naruto. De hecho, muchos fans consideran que Isshiki supera en maldad incluso a Kaguya, la anterior villana de la serie.
A pesar de ello, la presencia de Isshiki en la trama no ha durado demasiado, ya que finalmente fue derrotado por Boruto, Kawaki, Naruto y Sasuke. A partir de ese momento, el escenario ha cambiado y Code es ahora el nuevo villano de la saga, lo que ha llevado a Kawaki a unirse al bando oscuro con el objetivo de acabar con Boruto y detener el plan de posesión de Momoshiki. No obstante, aunque parezca que la historia de Isshiki ha llegado a su fin, es posible que este maestro del engaño tenga un as en la manga y pueda resucitar de alguna forma.
Uno de los aspectos más destacados de la saga Boruto es el giro que ha dado hacia la ciencia, centrándose más en la clonación y la manipulación genética que en la naturaleza mística de la era Naruto. Este cambio ha sido especialmente sorprendente para los fans, especialmente cuando se reveló que Koji Kashin era una copia de Jiraiya. Sin embargo, no se ha explicado quién fue el responsable de crear la copia de Jiraiya, aunque se han dejado algunas pistas que apuntan a que Isshiki ha estado trabajando en proyectos de clonación durante mucho tiempo, lo que explicaría por qué no se sorprendió al descubrir la verdad sobre Koji.
Teniendo en cuenta que Isshiki ha estado estudiando y trabajando en laboratorios durante siglos, es posible que haya investigado la clonación por sí mismo, y que haya tomado prestado trabajo de otros científicos como Orochimaru y Kabuto. Es posible que Boruto esté ocultando células con clones de Isshiki en algún lugar, lo que encajaría con su obsesión por renacer y ser inmortal. Esta estrategia ha sido utilizada por villanos de la talla del Emperador Palpatine y Moff Gideon en la saga de Star Wars, y podría añadir drama a la serie si se presenta un Isshiki perfecto o una copia defectuosa.
Aunque Isshiki ha sido presentado como una amenaza física muy poderosa, no ha sido un enemigo tan intimidante como Kaguya y otros aliens en términos de su capacidad mental. Si bien ha tenido una estrategia para drenar el chakra del planeta y ha intentado reencarnarse a través de Kawaki y Code, no ha sido tan manipulador como Kaguya, que utilizó a Uchiha Madara y Obito para sus planes. Incluso Momoshiki ha sido más astuto al implantar su marca de reencarnación en Boruto y engañar a todos.
Una posible solución para solidificar la imagen de Isshiki como un villano más cerebral y peligroso sería que tuviera un plan de contingencia que permitiera su resurrección, basado en investigaciones previas que haya realizado durante siglos. Este enfoque diferenciaría a Isshiki de los demás aliens de la saga, que simplemente confiaban en sus habilidades y en su inmortalidad para invadir otros mundos. La introducción de un arco argumental centrado en la clonación podría reforzar la imagen de Isshiki como un maestro de los títeres, sorprendiendo tanto a sus enemigos como a sus aliados y demostrando lo aterrador que puede ser su legado.