La importancia de los clanes ninja en Naruto es uno de los temas más relevantes de la serie. Casi todos los personajes importantes provienen de uno u otro clan prominente. Uno de los clanes más críticos es el Senju. Son los descendientes directos del Sabio de los Seis Caminos, quien difundió el chakra por todo el mundo. Fueron uno de los clanes más fuertes durante el Período de las Guerras, y cofundaron la Aldea Oculta de la Hoja junto con el clan Uchiha. Sin embargo, a pesar de su importancia, el clan parece haber desaparecido al comienzo de Naruto.
Es sorprendente que un clan tan prominente y poderoso desaparezca sin dejar rastro. El único descendiente vivo del clan Senju que se muestra en Naruto es Tsunade, la nieta de Hashirama Senju. Uno podría pensar que un clan tan importante tendría docenas de miembros que aparecerían a lo largo de la historia. Sin embargo, no se conoce ningún villano vivo que lleve el apellido Senju. A diferencia de los clanes Uchiha y Uzumaki, que fueron masacrados, nunca se dice que el clan Senju haya sido eliminado. La serie nunca da una explicación clara sobre por qué el clan Senju ha desaparecido, pero existen algunas teorías plausibles.
Una de las teorías es que los constantes conflictos bélicos en la serie de Naruto pudieron haber destruido al clan Senju. Para cuando comienza la serie, el mundo de Naruto ya había sufrido tres Guerras Mundiales Shinobi en un período de tiempo relativamente corto. Estos fueron conflictos masivos que involucraron a todas las aldeas ocultas y llevaron a la muerte de miles de ninjas. Como fundadores de la Aldea Oculta de la Hoja y uno de los clanes más fuertes, se esperaba que los Senju participaran en esta guerra. Se sabe que varios miembros del clan Senju lucharon y murieron en estas Guerras Mundiales Shinobi. El primer y segundo Hokages, Harishrama Senju y su hermano Tobirama, ambos lucharon y murieron en la Primera Guerra Mundial Shinobi. Tsunade participó en la Segunda Guerra Mundial Shinobi, y su hermano pequeño Nawaki murió en esta guerra. De hecho, se sabe que un miembro conocido del clan Senju ha formado parte de casi todas las Guerras Mundiales Shinobi y ha muerto en el conflicto. Es posible que el clan Senju haya perdido a la mayoría de sus miembros durante estas guerras. Habrían sido empujados a asumir las misiones más peligrosas e importantes debido a la fama de su clan. El clan Senju también desarrolló la filosofía de la Voluntad del Fuego, que priorizaba la seguridad de la aldea por encima de todo lo demás. Esta mentalidad habría fortalecido a muchos miembros del clan para sacrificarse por sus compañeros y la protección de su hogar.
Otra teoría es que el clan Senju podría haberse disuelto por su seguridad. No es raro que los clanes poderosos sean objeto de secuestros y asesinatos. Muchas aldeas y clanes temen a los ninjas poderosos y codician sus jutsu secretos. Hay múltiples instancias de esfuerzos coordinados para secuestrar a niños con kekkei genkai fuertes o masacrar clanes que son conocidos por su fuerza. Por ejemplo, Orochimaru pasó varios años intentando apoderarse del cuerpo de Sasuke e Itachi Uchiha para poder tener su Sharingan. La rama de la familia Hyuga está marcada con un sello maldito que asegura que su Byakugan se mantendrá bloqueado después de la muerte. Hinata Hyuga casi fue secuestrada cuando era niña por un ninja de la Nube. El clan Uzumaki y su hogar fueron eliminados debido a su habilidad en los jutsu de sellado. El mundo sería un lugar peligroso para los miembros del clan Senju, que son naturalmente shinobis fuertes debido a su relación con el Sabio de los Seis Caminos. Harisharama es el único miembro conocido del clan Senju que manifiesta la Liberación de la Madera, pero otras aldeas podrían haber querido secuestrar a sus descendientes para poder replicar sus habilidades. Tener el apellido Senju pondría un gran objetivo en la espalda de cualquier miembro del clan. El clan podría haber decidido disolver para evitar ser blanco de sus enemigos. Los miembros sobrevivientes se habrían deshecho de sus apellidos y se habrían dispersado por toda la aldea. Cabe señalar que tanto Tsunade como su hermano nunca son referidos por sus apellidos. A pesar de ser los nietos del Senju más famoso, no llevan el nombre, lo que respalda la teoría de que sus miembros se escondieron. De hecho, Jiraiya y Naruto tuvieron que buscar a Tsunade para traerla de vuelta para que pudiera convertirse en la Quinta Hokage, y aunque ella tenía muchas razones para disociarse de la aldea después de la guerra, existe una fuerte posibilidad de que haya estado escondida.
La teoría más simple es que el clan Senju se fusionó con la Aldea Oculta de la Hoja. Los Senju fueron los cofundadores de la Aldea Oculta de la Hoja y fueron amados por casi toda la aldea. Valoraban la aldea por encima de todo y estaban muy comprometidos con su desarrollo. El clan Senju podría simplemente haberse casado con los otros clanes y haber tomado los apellidos de sus cónyuges, asimilándose por completo en la aldea hasta su aparente desaparición. Existe evidencia que respalda esta teoría. Cuando Orochimaru intentaba infundir las células de Hashirama en niños para que obtuvieran la Liberación de la Madera, Yamato fue el único sobreviviente de sesenta niños. Es posible que fuera el único sobreviviente porque estaba remotamente relacionado con el clan Senju sin saberlo. También se ha revelado en Boruto que Moegi Kazamatsuri, ex compañera de equipo de Konohamaru, también puede usar la Liberación de la Madera. Es muy probable que tanto la Aldea Oculta de la Hoja como la Tierra del Fuego estén llenas de miembros secretos del clan Senju que no son conscientes de su herencia. A través de la interacción con los habitantes de la aldea, el clan Senju habría aumentado masivamente la fuerza de la Aldea Oculta de la Hoja con su poderoso chakra. Esto puede ser por qué la Aldea Oculta de la Hoja produce shinobis excepcionalmente fuertes en comparación con otras aldeas.
En conclusión, aunque nunca se ha explicado por completo por qué el clan Senju ha desaparecido de la serie de Naruto, existen varias teorías plausibles. Desde su extinción durante las Guerras Mundiales Shinobi hasta su disolución para evitar ser blanco de sus enemigos o simplemente fusionarse con la Aldea Oculta de la Hoja, los fans pueden especular sobre qué sucedió con el clan Senju. A pesar de su desaparición, su legado y su filosofía de la Voluntad del Fuego continúan siendo una parte fundamental de la historia de Naruto.